L’unico chiostro dell’antico convento rimane sul lato sinistro della chiesa di San Francesco e sarà parte integrante della nuova Biblioteca Comunale. Non esiste altro dell’antico convento che con le sue dipendenze, i chiostri, gli orti e il giardino occupava una vasta zona ed era uno dei complessi monastici più importanti della regione e certamente il più bello e importante, dal punto di vista architettonico, di Mirandola.
Un disegno a penna di Giacinto Paltrinieri, posto nell’Archivio Comunale, ce ne lascia una fedele pianta e alzata. Fu ricostruito in parte nel 1824 per ospitare il Ginnasio e i frati che erano addetti all’insegnamento scolastico. La prima biblioteca, ad uso degli studenti e dei frati, era sistemata al piano superiore e conservava in alto al centro della sala un bellissimo stemma comunale disegnato e colorato a mano. Una ulteriore ricostruzione degli anni 1930 /32 servì ad introdurre il nuovo Ginnasio-Liceo e la Biblioteca Comunale con ingresso in via Verdi. Sul prato, al centro del chiostro, è posizionato un magnifico pozzo in marmo, coevo delle tombe gotiche veneziane della chiesa. Sotto le arcate sono collocate diverse solenni memorie scolpite su marmo della storia mirandolese e antichi stemmi che nel medioevo e rinascimento erano sulle mura e sulla porta della Città. Sono inoltre presenti tre massicce lapidi che adornavano le mura del castello che celebrano Giovan Francesco I, Galeotto I e Giovan Francesco II Pico nell’evoluzione edilizia della rocca e dell’oppido nel XV e XVI secolo.